Il confine con Besozzo è segnato in gran parte dal fiume Bardello. Esso è un emissario del Lago di Varese e un immissario del Lago Maggiore. In passato le sue acque hanno azionato le pale di molti mulini, uno dei quali è ancora funzionante in località Piona; attualmente alimenta alcune cartiere, una stamperia di tessuti e il Canale Buzzi, che dà forza motrice ad una arcaica turbina che genera corrente elettrica. Su confine col comune di Travedona scorre invece il torrente Acquanegra, che è emissario del Lago di Monate ed immissario del Lago Maggiore.

Il Paese è costituito da un nucleo centrale: "Brebbia Centro" e 3 frazioni: Brebbia Superiore - Ronchée e Bozza", ciascuna formata da località e antiche cascine che hanno conservato la loro caratteristica denominazione:

• Brebbia Centro: Vaticano (Cantûn Pisûn) caratterizzato dalla grotta di Lourdes, Preölegie, Borghetto (Bûrghet), Frecc, Gesioeu;
• Brebbia Superiore: Castellaccio (ur Castelasc), Roncaccio, Cascina Bara, Marzée, Mirabella (Mirébéle), Torbiera;
• Ronchée: Piona (Piûne), Sué, Campagna, Bosco grosso;
• Bozza: Bozza lago (Böze), Bozza mulino, Mulino nuovo (Mûrin noeuv), Ghigerima inferiore (Ghigérimé), Ghigerima superiore, Motta Pivione;
• e altri Mirasole (Miresö), Vignetta (Vignéte), Ronco, Paû, San Martin, Laghetasch, Piner spésé.

Caratteristriche ambientali e paesaggistiche

Il microclima è influenzato dallorografia e dalla presenza del Lago Maggiore ma ricalca quello della regione padana: rigido e secco, durante linverno, piovoso in primavera ed autunno, caldo e afoso nella stagione estiva.
La temperatura media annuale si aggira sui 13°C, con valori massimi che nei mesi di luglio e agosto superano talvolta i 35°C mentre in gennaio e febbraio, le minime scendono fino a -10°C.
Il regime pluviometrico segue un ciclo annuale ben definito, caratterizzato da due periodi piovosi: la stagione primaverile (media di 426 mm/mq) e quella autunnale (media di 558 mm/mq), intervallate da un periodo con scarse o modeste precipitazioni (luglio-agosto) ed uno quasi secco (dicembre-marzo). Il mese mediamente più piovoso è ottobre (media di 232 mm/mq), mentre la piovosità media annua risulta essere di 1650 mm/mq. Circa il numero di giorni piovosi, si va da un minimo di 75 ad un massimo di 110 giorni.

Dal punto di vista paesistico Brebbia si colloca tra lambito tipico dei laghi intermorenici e la sponda del lago Maggiore. Del primo conserva i moderati rilievi di origine glaciale a volte poggianti su formazioni rocciose più antiche (Brebbia Superiore) mentre nelle depressioni formatesi tra i rilievi, i terreni argillosi favoriscono il ristagno delle acque (zona detta del "laghetasch" e zona bassa). La seconda si presenta con andamento pianeggiante e con sponda sabbiosa.

Il "Laghetasch" è unarea umida-torbosa con presenza di livelli dacqua variabili che si trova il colle di Motto Pivione. Diversi decenni orsono, il proprietario vi introdusse dei "taxodium", piante idrofile, che, svettano per la loro imponenza. Infatti, grazie alla loro particolare attitudine a respirare attraverso le radici cave emergenti, hanno trovato un habitat ideale nella piccola torbiera, tanto da propagarsi in diverse direzioni.

Con riferimento alla vegetazione, mentre la piana di Brebbia è utilizzata come area seminativa di frumento, mais, orzo, avena, segale, le colline sono ricoperte da boschi di castagni, con abeti, pini, betulle, noccioli, aceri, robinie, frassini faggi e sambuco. Nei prati e brughiere crescono ranuncoli, tarassaco, piantaggine, rabarbaro, trifoglio, pratoline, gerani e garofani selvatici e una varietà di graminacee che consente due o tre fienagioni nella bella stagione. In riva al Verbano e lungo la foce del Bardello crescono salici bianchi, ontani, canne palustri, tife e l'ambiente naturale si offre alla nidificazione di anatre e alcune specie di trampolieri.

La fauna è costituita da lepri, fagiani, qualche volpe, scoiattoli, ghiri, ricci, topi di campagna, talpe, bisce, merli, rondini, passeri, corvi, gabbiani, anatre e qualche airone.